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宏轉(zhuǎn)錄組

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宏轉(zhuǎn)錄組

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項(xiàng)目介紹

宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Metatranscriptomics)的研究對象是微生物組mRNA，在獲取微生物組總RNA并去除rRNA之后，反轉(zhuǎn)錄為cDNA，并構(gòu)建合適長度的插入片段文庫，對這些文庫進(jìn)行雙端(Paired-end，PE)高通量測序，從而能精確定量整個(gè)菌群中具有活性的物種精細(xì)組成及其對應(yīng)功能的表達(dá)水平，進(jìn)而鎖定菌群中的關(guān)鍵生物標(biāo)記物、闡明其生物學(xué)意義。

實(shí)驗(yàn)流程：

分析流程：

樣品要求

1. cDNA：濃度≥20 ng/μL，總量≥1 μg，必須是雙鏈cDNA；

2. RNA：濃度≥100 ng/μL，總量≥4 μg，并確保RNA無降解；

3. 土壤、污泥等原樣，至少提供1.5g；

4. 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時(shí)干冰運(yùn)輸。

項(xiàng)目案例

CAZy酶的注釋結(jié)果統(tǒng)計(jì)圖

Unigene差異表達(dá)MA圖

種水平的豐度等級(jí)曲線圖

常見問題
1、宏轉(zhuǎn)錄組測序有哪些特點(diǎn)？


1、直接對群落樣本中的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行測序，真實(shí)再現(xiàn)群落的活性功能；

2、業(yè)界公認(rèn)的總RNA 提取方法和rRNA 去除技術(shù)，穩(wěn)定；

3、使用Illumina NovaSeq高通量測序平臺(tái)，速度更快周期更短；

4、功能+物種，雙管齊下；拼接+不拼接，各取所長，實(shí)現(xiàn)對物種和功能的“高分辨率”精確定量；

5、根據(jù)樣本、數(shù)據(jù)特征，自動(dòng)選擇分析流程，多種功能注釋數(shù)據(jù)庫可選，優(yōu)化宏基因組功能代謝譜注釋；

6、通過多種多變量統(tǒng)計(jì)分析和機(jī)器學(xué)習(xí)方法，系統(tǒng)、深入地挖掘宏轉(zhuǎn)錄組大數(shù)據(jù)中差異相關(guān)的關(guān)鍵物種和關(guān)鍵功能，識(shí)別關(guān)鍵生物標(biāo)記物。

學(xué)術(shù)文章

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