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RIP-seq

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項目介紹

RIP-seq（RNA Immunoprecipitation）是研究細(xì)胞內(nèi)蛋白與RNA相互作用的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動態(tài)過程的有力工具，能更有效地發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點。

技術(shù)原理

RIP-seq是運用針對目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來，然后經(jīng)過分離純化就可以對結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進行測序分析。 RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀RIP技術(shù)的類似應(yīng)用，但由于研究對象是RNA-蛋白復(fù)合物而不是DNA-蛋白復(fù)合物，因此RIP實驗的優(yōu)化條件與RIP實驗并不相同。RIP實驗下游結(jié)合二代測序技術(shù)稱為RIP-seq，通過高通量測序和分析，深度解析與目標(biāo)蛋白相互結(jié)合的RNA的區(qū)域或種類和相互作用強弱。

應(yīng)用

RIP-seq技術(shù)可用于研究蛋白質(zhì)與RNA的直接作用、蛋白在轉(zhuǎn)錄層面相互作用、研究與蛋白結(jié)合的RNA序列。

實驗流程

分析流程

     1.基礎(chǔ)分析流程

    2.可選分析流程


樣品要求

送樣要求

1.提供無支原體或其他污染，活力達90%以上的細(xì)胞，細(xì)胞數(shù)量≥2.5X107。

     2.運輸前細(xì)胞需交聯(lián)固定（固定方法可聯(lián)系技術(shù)經(jīng)理獲?。?。

     3.保存于-80℃冰箱，干冰運輸。

項目案例

GO分析SRSF6下游的靶點基因所涉及的細(xì)胞通路及功能

RIP-Seq與RNA-Seq聯(lián)合分析獲得SRSF6的RNA序列結(jié)合熱點

PRC2的RIP-Seq所獲得的RNA表達值以及屬性分析結(jié)果

RIP-Seq的原理圖以及5mC富集的RNA在編碼序列上的分布和含5mC的RNA的表達水平分析

學(xué)術(shù)文章

RIP-seq

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