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    ASE原子模擬環(huán)境計(jì)算程序安裝教程
    來源： 時(shí)間：2022-12-16 16:20:13 瀏覽：3165次



    安裝要求

    基本要求

    * Python 3.6或更新版本

    * NumPy (基礎(chǔ) N-dimensional array 包)

    * SciPy (科學(xué)計(jì)算庫)

    可選并強(qiáng)烈推薦安裝

    • Matplotlib (繪圖)  

    • tkinter (for ase.gui-ASE圖形界面所需的庫，CentOS系統(tǒng)自帶的python默認(rèn)編譯是沒有tkinter的，需要重新編譯python)

    可選安裝

    • Flask (用于ase.db網(wǎng)頁界面所需)  

    • pytest  (用于測試)  

    • pytest-mock  (用于更全面的測試）  

    • pytest-xdist  (用于并行運(yùn)行測試)  

    • spglib  (用于某些與對稱相關(guān)的特征)




    使用系統(tǒng)軟件包管理器安裝

    Linux

    ASE支持主要的GNU/Linux發(fā)行版(包括Debian、Ubuntu、Arch、Fedora、Red Hat和CentOS)，并有對應(yīng)的一個(gè)python-ase包，可以在你的系統(tǒng)上安裝它。系統(tǒng)會自動管理依賴關(guān)系，并使ASE對所有用戶可用。

    注意：不同的Linux發(fā)行版，對應(yīng)的ASE包版本不一定是最新的。

    Max OSX(Homebrew)

    Mac OSX中包含的舊版本Python與ASE不兼容，并且不包括pip包管理器。在下一節(jié)中介紹的使用pip安裝ASE之前，Mac用戶需要安裝適當(dāng)?shù)腜ython版本。一種選擇是使用Homebrew包管理器，它提供了Python 3的最新版本，包括pip和tkinter圖形界面綁定:


    $ brew install python

    使用pip安裝1

    建議使用anaconda的python，方便安裝和版本管理。安裝ASE最簡單的方法是使用pip，它會自動從PyPI獲取源代碼:

    $ pip install --upgrade --user ase

    如果要運(yùn)行測試，可使用：

    $ pip install --upgrade --user ase[test]

    Python會將ASE安裝到可以自動找到ASE的本地文件夾中。ASE的命令行工具將安裝在以下位置:

    操作系統(tǒng)路徑
    Unix and Mac OS X~/.local/bin
    Homebrew~/Library/Python/X.Y/bin
    Windows%APPDATA%/Python/Scripts

    請參考環(huán)境變量章節(jié)，正確設(shè)置環(huán)境變量。 在使用ASE前，參考ASE的安裝測試環(huán)節(jié)，進(jìn)行測試。 注意： 如果你的系統(tǒng)中，沒有安裝numpy，scipy和matplotlib模塊，請參考下面命令安裝：

    $ pip install --upgrade --user numpy scipy matplotlib

    如果在安裝過程中出現(xiàn)Cannot uninstall 'pyparsing'

    pip install -I pyparsing

    即可解決




    從源碼安裝

    作為pip方式安裝的替代方案，您還可以下載源代碼.tar文件或Git方式獲取源碼。

    tar文件

    你可以下載最新版ase-3.22.1.tar.gz或者開發(fā)測試版ase-3.23.0b1.tar.gz。其它版本，可參考ASE官網(wǎng)列表解壓：

    $ tar -xf ase-3.17.0.tar.gz

    Git clone

    或者，你也可以使用git clone命令可以從https://gitlab.com/ase/ase獲取指定版本的源碼：

    $ git clone -b 3.22.1 https://gitlab.com/ase/ase.git

    或者安裝開發(fā)版

    $ git clone https://gitlab.com/ase/ase.git

    pip

    使用pip命令從ase的git主目錄安裝

    $ pip install --upgrade git+https://gitlab.com/ase/ase.git@master

    --upgrade參數(shù)可以確保您總是重新安裝，即使版本號沒有更改。

    添加用戶環(huán)境變量即可使用，具體請參考環(huán)境變量章節(jié)當(dāng)然也可以在源碼目錄下，執(zhí)行python setup.py install --user命令進(jìn)行安裝，然后再添加環(huán)境變量。




    環(huán)境變量

    ASE需要定義兩個(gè)環(huán)境變量：

    $PATH：

    定義ase可執(zhí)行文件路徑

    $PYTHONPATH：

    定義python模塊路徑

    在用戶主目錄下的.bashrc文件中，添加如下

    $ export PYTHONPATH=<path-to-ase-package>:$PYTHONPATH
    $ export PATH=<path-to-ase-command-line-tools>:$PATH

    或者在用戶主目錄下的.cshrc文件中，添加如下：

    $ setenv PYTHONPATH <path-to-ase-package>:${PYTHONPATH}
    $ setenv PATH <path-to-ase-command-line-tools>:${PATH}




    運(yùn)行測試

    運(yùn)行測試前，請確保環(huán)境變量已經(jīng)正確設(shè)置

    測試命令：

    ase tes

    評論 / 文明上網(wǎng)理性發(fā)言
    12條評論
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    全部 3小時(shí)前 四川
    文字是人類用符號記錄表達(dá)信息以傳之久遠(yuǎn)的方式和工具?，F(xiàn)代文字大多是記錄語言的工具。人類往往先有口頭的語言后產(chǎn)生書面文字，很多小語種，有語言但沒有文字。文字的不同體現(xiàn)了國家和民族的書面表達(dá)的方式和思維不同。文字使人類進(jìn)入有歷史記錄的文明社會。
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